تناط بوكالة جهة الشرق بموجب القانون رقم 12.05 المهام التالية :
أن تدرس وتقترح على السلطات المختصة برامج اقتصادية واجتماعية مندمجة مبنية على استراتيجية عامة تهدف إلى تحقيق الانعاش الاقتصادي والاجتماعي للمنطقة المعنية واندماجها في النسيج الاقتصادي الوطني والمغاربي والاورومتوسطي ؛
أن تدرس وتقترح على الاشخاص المعنوية الخاضعة للقانون العام، مغربية كانت ام أجنبية، وعلى الشركات وغيرها من الاشخاص الخاضعين للقانون الخاص، المشاريع النوعية الكفيلة بإنعاش وتنمية الاقتصاد والقطاعات الاجتماعية بالمنطقة المعنية وخصوصا القطاعات التالية :
أن تقدم مساعدتها إلى الجماعات المحلية المعنية في مجال التطهير وتحسين خدمات الجماعات المذكورة ؛
أن تقترح على اللجنة الوطنية للمناطق الحرة للتصدير إحداث مناطق حرة في دائرة نفوذها ولهذه الغاية تعتبر الوكالة بحكم القانون عضوا في اللجنة المذكورة ؛
أن تقوم بجميع الإجراءات التي من شأنها تشجيع إدماج الواحات في الاقتصاد الجهوي ؛
أن تبحث عن وسائل التمويل اللازمة لتنفيذ البرامج والمشاريع المشار إليها أعلاه وأن تساهم في هذا التمويل ؛
أن تقوم لحساب الدولة والجماعات المحلية، بتتبع تنفيذ البرامج الاقتصادية والاجتماعية المندمجة والاعمال المتعلقة بتحقيق السياسات القطاعية للإنعاش والتنمية الاقتصادية والاجتماعية في المنطقة المعنية ؛
أن تعمل على إنعاش الشغل وتشجيع المبادرة الحرة ولا سيما من خلال تقديم مساعدتها للمقاولات الصغرى والمتوسطة وكذا المغاربة المقيمين بالخارج فيما يخص مشاريع الاستثمار الواقعة في منطقة تدخل الوكالة ؛
أن تقوم بإعداد وتتبع استراتيجية تواصل ملائمة من أجل النهوض بصورة المنطقة التابعة لنفوذها الترابي والرفع من جاذبيتها. ويجوز للوكالة أن تساهم سواء لوحدها أو في إطار الشراكة، وضمن حدود الوسائل المالية المتوفرة لديها، في تهيئة وتجهيز المنطقة المعنية بطلب من الحكومة أو من الجماعات المحلية وهيئاتها الداخلة في النطاق الترابي المعني ولحسابها.